政务司司长的职权源自香港殖民地时代的辅政司（ColonialSecretary），1976年改名为布政司 （ChiefSecretary），为香港政府首长 、香港首席公务员、行政局及立法局当然议员，统领布政司署（香港政权移交后改称政府总部）和全体政府公务员，执行香港总督的指令。
1997年7月1日香港主权移交后，改名政务司司长（英文改称 Administrative Secretary，但为突显其首长地位，之后再改称 Chief Secretary for Administration ）；大致沿袭布政司的职务，但政府首长之位由行政长官取代，亦不再是行政会议当然成员 ；布政司署则改称政府总部。
虽然根据《香港基本法》第60条，“……香港特别行政区政府设政务司、财政司、律政司和各局、处、署。”，但香港特区政府从无设“政务司”的部门或职位，而政务司司长的支援部门则名为“政务司司长办公室”而非“政务司”，有别于律政司的设立。
2002年7月1日以前，政务司司长属于政府公务员，为公务员中最高职位，各局局长亦为其下属，政治及行政地位在各局局长之上。但前行政长官董建华（1997年－2005年）推行高官问责制后，政务司司长成为了政治任命官员，各局长改为直接向行政长官负责。有人认为，政务司司长职责减少，只是负责行政长官所指定的工作，没有固定范畴，没有行政长官的命令亦不可干涉各政策局，只是排名上和薪金比各局长高一些，曾被一些人戏称为没有实权的“无兵司令”。2005年6月，新任行政长官曾荫权上任，表明政务司司长将在政府上担任的较重要的政治角色和职权。
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